Marvel'ın Spider-Man oyunları, çizgi roman evreninden birçok kısa görünüme sahip. Taskmaster sizi ilk oyunda en zorlu meydan okumalarıyla karşıya koyuyor, Black Cat devam oyununda Doctor Strange'in en güçlü eserlerinden birini çalıyor ve ileride ortaya çıkabilecek ya da görünmeyebilecek karakterlere ince göndermeler veren birçok başka cameo ve easter egg var.
Insomniac artık Marvel'ın Wolverine'ine odaklanırken, video oyunlarında Peter Parker'ın oyuncusu Yuri Lowenthal'a, (umarız) yakın gelecekte Logan ile olası bir crossover hakkında soru soruldu. "Spider-Man ve Wolverine crossover'ı son derece heyecan verici olurdu, ama Wolverine'den bile daha güçlü seçeceğim bir karakter var, o da Deadpool'dur," Lowenthal, The Movie Dweeb ile yaptığı röportajda söyledi. "[Insomniac yaratıcı direktörü Brian Horton'ı] Deadpool olayıyla her gördüğümde onu zorladım, bu yüzden Spider-Man 3 için sadece spoiler verdiysem, fikri zaten benden aldıklarına inanmak isterim." Deadpool ve Spider-Man çizgi romanlarda birçok kez kesişmiştir ve ağzı olan paralı asker, örneğin Daredevil gibi bir karakter kadar New York ile ilişkilendirilmese de, Deadpool'un o kadar hayranı var ki, birçok kişi onu başka bir video oyununda görmekten mutlu olur.
